细胞器组装 -- 细胞器 -- spades

安装

Name Version Build Channel Subdir
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spades 4.2.0 haf24da9_0 bioconda bioconda
spades 4.1.0 haf24da9_0 bioconda bioconda
spades 4.0.0 h5fb382e_0 (+ 4 builds) bioconda bioconda
spades 3.15.5 h5fb382e_2 (+ 3 builds) bioconda bioconda

PS:
核心错误信息：
/lib64/libm.so.6: version 'GLIBC_2.27' not found
表示系统缺少GLIBC 2.27版本，而SPAdes-4.2.0需要这个版本才能运行。

1.1 conda安装

conda install -c bioconda spades

要利用 Mamba 安装 SPAdes 并创建一个单独的环境，可以按照以下步骤操作：

安装 Mamba
如果你尚未安装 Mamba，可以使用以下命令安装（假设已安装 Miniconda 或 Anaconda）：
```
conda install -n base -c conda-forge mamba
```
Mamba 是 Conda 的更快替代品，适用于管理生物信息学软件[3][4][5]。
创建单独的环境
使用 Mamba 创建一个新环境（例如命名为 spades_env）：
```
mamba create -n spades_env
```
这一步确保 SPAdes 及其依赖项与其他环境隔离[13][14]。
激活环境并安装 SPAdes
激活环境后，通过 Bioconda 频道安装 SPAdes：
```
mamba activate spades_env
mamba install -c bioconda spades
```
Bioconda 提供了预编译的 SPAdes 软件包，兼容多种 Linux 系统[1][7][16]。
验证安装
安装完成后，检查 SPAdes 版本以确保安装成功：
```
spades.py --version
```
如果遇到版本问题，可以尝试指定最新版本或检查频道配置[8][12]。

注意事项：

确保系统满足 SPAdes 的依赖要求（如 glibc ≥ 2.28）[2]。
推荐将 SPAdes 安装目录添加到 PATH 环境变量以便直接调用[2][15]。

1.2 预编译可执行文件安装（下载并解压后即可使用）

# 下载可执行文件并解压
wget http://cab.spbu.ru/files/release3.15.5/SPAdes-3.15.5-Linux.tar.gz
tar -xzf SPAdes-3.15.5-Linux.tar.gz

# 切换到bin目录
cd SPAdes-3.15.5-Linux/bin/

# 添加环境变量（临时）
export PATH=$PATH:$(pwd)

# 验证安装
spades.py --test